两者概念上的不同：
班轮公会是在同一航线上相互竞争的有关班轮公司之间，为了摆脱和限制航线竞争而形成的一种联合经营的垄断性组织，是航运卡特尔在班轮市场内最常见的组织形式。班轮公会的成员由不同国家的船公司所组成，因此，这种航运卡特尔组织具有国际性质。班轮公会是所在航线上的垄断组织，对航线市场能施加垄断力量。由于班轮公会的存在，班轮运输市场是由属于垄断市场结构的各航线市场组成的。
航运联盟是指班轮公司之间在运输服务领域航线和挂靠港口互补、 船期协调、 舱位互租,以及在运输辅助服务领域则信息互享、 共建共用码头和堆场、 共用内陆物流体系而结成的各种联盟。
两者作用的不同
班轮公会是通过制定共同运价、 运输条件、 运费公摊等方式抵制市场的新进入者和不肯入会的公司。班轮公会还通过会员间、公会间以及公会与托运人企业和组织之间的各种协议和安排 ,对竞争进行各种横向和纵向限制。可以说 ,班轮公会是在航运领域垄断和各种反竞争行为的主要实施者。虽然班轮公会具有强烈的垄断色彩 ,但其存在有稳定航运秩序 ,维护贸易正常发展的效果。因为班轮运输具有内在的脆弱性和高度的风险性 ,当航线景气时 ,外来承运人可在特定航线上以租船方式参与竞争 ,而萧条时则退出 ,但班轮公司开辟航线投入巨大 ,其商业信誉和服务水平也反映在特定航线上 ,因此不能像租船承运人那样随市场状况自由进出，班轮公会避免了航运市场的大起大落。
班轮公司实现全球性联营，不仅提高了服务质量，而且取得了经济效益，主要表现在：①船舶共享降低了箱位成本；②码头共享降低了经营成本；③扩大港口覆盖面，从而扩大了服务范围；④在最繁忙的运输区段增加发船密度，吸引更多的资源。
两者比较
1）运力的配置和航线服务优于班轮公会
由于联盟对内是联合派船、统一分配舱位，对外是一套船期、一种港序，这种运力调配方式比班轮公会内部实行的传统的运力配额方式更加直接和有力，且联盟成员通过运力共享的方式进行合作，彼此间的关系比较紧密而且稳定。由于联盟采取强强联合的形式，在主干航线上投入大型、高速船舶，并通过枢纽港积极开辟支线网络，所以运输频率高、周转时间短、挂靠港口全；许多联盟成员（如马士基、铁行渣华、中远）在主要港口使用自营码头，使得装卸、中转和多式联运作业均有保证，再加上运用先进科技手段提高服务质量，使得联盟在服务上的优势日益明显。
2）运价手段灵活于班轮公会
迄今为止，联盟仅局限于船舶运力、班期和挂靠港方面，在运价和附加费等方面没有采取一致行动，其运价反映的仍是联盟成员各自的运价政策，所以各成员能够根据市场情况，采取比较灵活的手段进行调整。而班轮公会在运价的制定和修改方面就显得比较呆板和繁琐，如远东运费协定要求所有特价都必须在公会内通报，且有专职人员审核各成员公司的舱单和收
费情况。在市场供过于求的情况下，公会成员为利益所驱使，往往以明折暗扣等方法扭曲公会的运价规定，使得公会的调价工作举步维艰。
3）在改善经营状况和降低经营成本方面更有效
联盟集团统一规划航线、统一调遣船舶、互通有无，所以大公司可以借助小公司进入偏远航线，小公司也可以借助大公司进入主干航线，从而使联盟成员不论大小，均成为某种意义上的全球承运人，极大地改善了联盟成员的业务范围和竞争实力，这在班轮公会是无法实现的。 联盟同时也改变了船港双方的力量对比，与联盟的往来关系到一个港口的生存。例如，韩进、德国胜利、朝阳进驻西雅图港口以后，1998年前8个月装卸量达到15万TEU，成为进出该港的最大客户。再如，马士基与海陆联营以后，放弃了自己的堆场，与海陆的堆场合二为一，仅此一项就使塔科马港损失15万美元的年收益。所以，为争取联盟挂靠，港口当局不得不
以降低装卸费率、增加设施投入、建立海铁联运接口、推行港口私营化等方式改善码头堆场服务。联盟正是看到了这一点，在与港方的谈判中开始掌握主动，尽力降低港口使费，并取得实效。
4）受政府部门和经济组织的干预少于班轮公会
由于联盟尚属新生事物，它涉及的成员少（一个联盟最多七八家公司） 、范围小（仅限于合作配船） ，对它的作用和影响也不甚明了，所以目前各国在法律上对联盟均没有明确的定义和限制。
5）组织结构和办事效率优于班轮公会
从组织结构来看，早期的班轮公会结构比较严密，甚至可以统筹分配会员公司的收入，以平衡各方的利益。从成员构成来看，公会的会员组成十分庞杂，如 FEFC 有 28 个国家的 40多家船公司，IADA 也有近 50 名成员。由于公会统领着特定航线上的大多数船公司，这些公司的利益千差万别，所以各项建议要想得到大多数的支持就比较困难， 这也导致公会效率不高。
