排空法：排空法又称为逐一更换法。指将船舶压载水用泵排放干净，清洗船舶舱底的沉积物，然后注入洁净深海海水。这种方法的优点是：能够比较彻底地对压载水进行有效置换，三种置换方法中置换最为彻底的一种，并且完成压载水置换的时间也比较短。该法的缺点是：由于排放压载水能够改变船舶的吃水差以及船舶的稳性，对船舶的固有剪力和弯矩也会产生影响，因此每个压载舱不能太大，这就会增加压载水舱的数量。排空的过程中，要进行细的计划和监控维持船舶的稳定性和吃水差。在恶劣的天气条件下，为了保证船舶的安全行，不适宜采用排空法
溢流法：溢流法又称为注入顶出法。从压载舱底部泵入清洁深海海水，使原来压载水通过溢流孔从顶部排出的方法。该法的优点是：不改变船舶的稳定性和吃水差，对船舶局部强度影响不大，不会产生货物移动位置的不良后果；使用该方法时，不需要进行周密的计算，船员的操作较简单；在恶劣天气条件下也可进行操作；对船舶的压载水管系不用作大的修改。该法的缺点是：置换过程中泵和管系的压力增大，容易造成对管系的破坏；置换过程中压载舱压力增大同样也存在着危险；采用这种方法的船舶顶部要设计溢流的端口。
目前，溢流法是在船舶上应用的最普及的一种压载水置换方法
稀释法：稀释法是通过管路的设计，将清洁的海水从压载舱顶部注入同时从底部排出的法。稀释法因涉及船舶设备、管路的改进或添置，因此仅仅在新船上使用。
过滤法：过滤法可直接滤去外来生物。通过选择合适网目的滤网，可以去除不同的生物群。一般来说，50um滤网可滤掉浮游生物，20um的滤网能滤去大部分浮游藻类。但是压载水中含有大量的絮状物，容易堵塞滤网，因此对滤网要进行反复冲洗，比较耗能和浪费时间。因此过滤法通常用于压载水的预处理。
超声波法：超声波可以在局部产生数百度的高温和数百大气压的高压，从而将海生物杀死并粉碎。超声波功率在水体中的空化效应所产生的高压、冲击波、声流和剪切力能够有效地破坏藻类的细胞结构，抑制叶绿素的合成。
