上海远洋运输公司40年的发展历史，大体经历了三个时期。
艰苦创业时期（1964年―1978年）
新中国成立后的15年里，国家的外贸运输主要依靠租用外轮。进入20世纪60年代，国际租船市场租费不断上涨。为维护中国海运利益，降低进口粮食、化肥等紧缺物资的运输费用，支持国家建设，在中共中央、国务院及毛泽东主席、周恩来总理等的亲切关怀下，在交通部、中国远洋运输公司的领导下，1964年4月1日，中国远洋运输公司上海分公司在上海中山东一路5号挂牌成立。
成立后的中远上海分公司，艰苦奋斗，奋发图强，采用投资建新船、贷款买新船和“二手船”相结合的办法，高速发展远洋运输船队。在不到15年的时间里，公司的船队规模由初创时的8艘小型杂货船，发展到1978年底时的115艘，形成由杂货船、散装船、多用途船、半集装箱船和滚装船等多类型船组成的综合性远洋运输船队；公司经营的航线、航区，由初创时中日、中朝航线10多个港口，扩展到1978年遍及亚洲、欧洲、非洲、大洋州、南北美洲82个国家和地区的273个港口；公司年运输货物由初创时的80多万吨，增加到1978年的860余万吨；公司的员工也由初创时的488人，增加到1978年的11201人，其中，远洋船员从410人发展到9000多人。中远上海分公司由此成为国家外贸运输的重要力量。
1964年6月12日，“和平60号”首航朝鲜，开辟中朝航线。
1964年6月18日，“燎原”轮首航日本，开辟中日航线。
1968年10月，“红旗”轮首航欧洲，开辟西北欧航线。
1970年7月18日，“向阳”轮首航地中海，开辟地中海航线。
1970年8月10日，“东风”轮首航加拿大，开辟北美航线。
1971年1月1日，“红旗”轮首航坦桑尼亚，开辟非洲航线。
1971年7月16日，“红旗”轮首航智利，开辟南美航线。
1972年8月22日，“安亭”轮首航菲律宾，开辟东南亚航线。
1978年9月26日，“平乡城”轮开辟中国至澳大利亚国际集装箱班轮运输航线，是为中国第一条集装箱班轮航线。
全面发展时期（1979年―1997年）
党的十一届三中全会吹响了中国改革开放和加快经济建设的号角，也推动了远洋事业的全面发展。1979年5月1日，经交通部批准，中远上海分公司更名为上海远洋运输公司。随着国际海上集装箱运输的发展和造船技术的进步，公司积极引进技术先进、营运效率高的集装箱船、滚装船和多用途船，逐步淘汰船龄老化、技术落后的杂货船、散装船和半集装箱船。至1992年，公司拥有各种远洋船舶146艘，300余万载重吨，其中集装箱船和滚装船占三分之一以上；年运输量达到2225万吨，其中集装箱船和滚装船运输量1162万吨，占总量的一半以上。期间，公司积极发展班轮运输，相继开辟了中国至欧洲、美洲、大洋州、东南亚、非洲等几乎覆盖世界所有地区的定期班轮，组建了环太平洋集装箱运输网络，提高了船舶营运效率，经济效益明显提高。公司在发展远洋运输主业的同时，积极创建陆上产业，经营货运代理、仓储中转、船舶修理、船舶供应、商贸餐饮、宾馆旅游、医疗卫生、集装箱修造和房地产等40多家中小企业。公司树立为货主服务的思想，开展企业整顿，推行经济承包责任制，实行方针目标管理和全面质量管理。公司在1989年被评为国家二级企业后，又先后荣获全国企业管理优秀奖（金马奖）、全国思想政治工作优秀企业、全国“五一”劳动奖状和上海市文明单位等荣誉称号。1993年，中远（集团）总公司成立后，为应对国际航运竞争，相继对集装箱船和散装船实施“统一经营，分散管理”，中远集装箱运输总部在北京成立，上远公司继续对原所属集装箱船和散装船进行管理，同时经营管理杂货船。1997年7月，中远集团决定远洋运输实行专业化经营管理。同年12月，中集总部搬迁上海，与上海远洋运输公司合二为一，组建成立中远集装箱运输有限公司（上海远洋运输公司）。
1979年4月18日，“柳林海”轮驶抵美国西雅图港，成为中美建交后到美国的第一艘悬挂五星红旗的中国商船。
1979年5月1日，中国远洋运输公司上海分公司更名为上海远洋运输公司（简称上远公司）。
1981年2月10日，“张家口”轮首航美国，开辟中美集装箱班轮运输航线。
1981年6月4日，“抚顺城”轮首航日本，开辟中日集装箱班轮运输航线。
1983年7月，“辽河”轮首航欧洲，开辟中国至西欧集装箱班轮运输航线。
1985年6月1日，“鉴真”轮首航日本，开辟中日客货班轮航线。
1986年4月，公司集装箱船舶管理处（后称管理四处）成立；1987年5月，管理一处、管理二处、管理三处成立；1989年8月，管理五处成立；1990年2月，管理六处成立。
1990年9月1日，上远公司在上海召开新闻发布会，宣布公司环太平洋集装箱班轮运输干支线网络建成。
1993年7月，中远集团对集装箱船舶实行“集中经营、分散管理”，中远集装箱运输总部在北京成立。
1997年12月29日，由中远集装箱运输总部与上海远洋运输公司合并成立的中远集装箱运输有限公司（上海远洋运输公司）开始试运转。
改革创新时期（1998年至今）
中远集装箱运输有限公司的成立，标志着公司进入了改革创新的发展新时期。从1997年9月24日到1998年4月5日，公司先后将45艘杂货船和15艘散装船分别移交给广州远洋运输公司和天津远洋运输公司；同时，从1997年10月4日到1998年1月30日，公司接受了广远和天远移交的集装箱船共58艘。完成交接船后，公司共拥有集装箱船舶132艘，运力总规模为21万标准箱。在随后的6年多时间里，公司在中远集团的领导下，围绕集装箱经营管理体制、船队结构调整、信息化建设、船舶和船员管理和陆上产业经营发展，实施了一系列改革、调整和创新。瞄准建设世界一流航运企业目标，深化改革、求是创新，从根本上增强企业的核心竞争力和抗风险能力，成为公司在新时期的重要任务。加快船队结构调整，越来越多的新船大船陆续投入运营，越来越多的特色品牌航线应运而生； 加快信息化建设，全球集装箱运输信息系统、财务信息系统、船舶管理信息系统相继投入应用，推动经营销售、管理技术、客户服务创新； 实施营销一体化改革，全球营销服务网络形成整体优势；拓展船员劳务和船舶管理输出，对外劳务和船舶管理向产业化道路迈进。2003年，中远集运全年共完成箱运量398万TEU，综合准班率95.4%，单月运输生产指标连续数月创历史新高。截止2004年3月，中远集运共拥有集装箱船113艘，总运力25.6万TEU，平均单船箱位2270TEU，平均船龄10年，平均航速为每小时18海里多。2004年8月，随着8000TEU超大型集装箱船舶上线运营，中远集运新一轮快速发展拉开序幕。与此同时，以经营船员管理、船舶管理和陆上航运相关产业为重心的新上海远洋运输公司顺利组建，并于2004年9月26日揭幕运作。从此，有着40年发展历史的上海远洋运输公司又将踏上新的发展征程。
1998年1月27日，中远集装箱运输有限公司在浦东外高桥保税区举行成立揭牌仪式，国务院副总理吴邦国为公司成立揭牌。
1998年9月28日，中远集运船员公司揭牌成立。
2000年3月18日，由中远集运船员公司、管理部、上海远洋教育中心合并组建的中远集运船舶管理公司（对内称中远集运管理部）正式成立。
2000年8月10日，上海远洋陆上产业总公司成立。
2001年1月12日，上海远洋对外劳务有限公司正式成立。
2001年12月，中远集团实施班轮和物流两个单元业务重组，中远货运系统重组进入中远集运。
2002年2月10日，上海远洋船舶管理有限公司注册成立。
2003年11月，中远海外集装箱业务单元纳入中远集运体系。
2004年9月，新上海远洋运输公司重组揭幕，成为集船舶管理、船员劳务、综合实业等多元化产业为一体的具有独立法人经营资格的现代企业。
2009年9月，更名为上海远洋运输有限公司，并成功上市，“中国远洋”。
