申请单位或个人应向当地渔业行政主管部门提出申请，并提供相应的材料，受理后，各级渔业行政主管部门按照各自的权限进行审批或审核。发放捕捞许可证应具备下列材料和条件；
（一）《渔业捕捞许可证申请书》；
（二）《渔业船网工具指标批准书》原件(海洋捕捞渔船)；
（三）有效的《渔业船舶检验证书》原件和复印件；
（四）有效的《渔业船舶登记（国籍）证书》原件和复印件；
（五）渔具和捕捞方法符合国家规定标准；
（六）《渔捞日志》（海洋大型、中型渔船再次申请捕捞许可证）；
（七）农业部远洋渔业项目批准文件（公海作业的远洋渔船）；
（八）法人营业执照或个人户籍证明原件和复印件
（九）《渔业捕捞许可证》原件和复印件（专项、特许捕捞）
（十）农业部规定的其他条件。
办理程序：
拟从事捕捞作业的单位或个人（以下称申请人），须填写《渔业捕捞许可证申请书》，并附有关材料，持户籍证明或工商营业执照向其户籍或所在地的县级以上渔业行政主管部门提出申请，逐级上报至有审批权的主管机关审批。属农业部审批的申请，经省级渔业行政主管部门审核同意后，由所在海区渔政渔港监督管理局复核汇总(内陆捕捞渔船除外)，报农业部审批。属省级渔业行政主管部门或其所属的渔政渔港监督管理审批的申请，由县、市渔业行政主管部门审核同意后，报省级渔业行政主管部门或其所属的渔政渔港监督管理审批。
下列作业渔船的渔业捕捞许可证，由农业部审批，委托农业部各海区渔政渔港监督管理局发放：
（一）海洋大型拖网、围网渔船；
（二）到我国与有关国家缔结的协定确定的共同管理渔区、南沙海域、黄岩岛海域作业的渔船；
（三）到特定渔业资源渔场、水产种质资源保护区作业的渔船。
（四）到公海作业的远洋渔船的渔业捕捞许可证，
下列作业的渔业捕捞许可证，由农业部审批，委托农业部各海区渔政渔港监督管理局或省级渔业行政主管部门及其所属的渔政渔港监督管理发放：
