首先使用集装箱货轮运输的是英国大陆集装箱服务公司。该公司在1940年将集装箱由陆上联运到海上，横渡海尔兰海，完成了举世瞩目的第一次水陆联运。1956年，美国泛大西洋轮船公司将“盖特威号”油轮部分改装成集装箱货轮试装16个大集装箱，试运于纽约与休斯敦之间。运营3个月后，取得了巨大的经济效益。其后，又进一步改造，将“盖特威号”油轮完全改造集装箱货轮，可载运266个集装箱。改装后，该船停靠码头的装卸时间与同吨位货轮相比，由7天缩短到15个小时，大大提高了经济效益，引起了航运界的极大关注。1957~1958年间，该公司又将6艘杂货轮改装成集装箱货轮，同时，建造集装箱货轮。
1962年，第一艘全新设计建造的集装箱货轮“伊丽莎白港号”正式投入营运，该轮可装载10米长的集装箱475个。它在巴拿马东西两岸上航行，每航次营运时间为18天，在港口只用24小时就完成了全船的装卸任务。
由于集装箱货轮在营运中取得了优异的成绩，因此，许多国家的航运公司竞相开展了海上的集装箱运输，纷纷建造集装箱货轮，使得集装箱运输业在很短的时间内得到了迅速的发展。
开展海上集装箱运输的历史虽然不长，但到目前为止，在500多条航线上开展集装箱运输的国家已有几十个。许多工业比较发达的国家，大部分已经形成一套完整的集装箱运输体系。实践经验证明：在杂货物件的运输过程中由单件、小件运输改为大件的集装箱运输，不仅可以减少装卸作业中大量的重复性劳动，大大提高装卸效率，而且货物装入集装箱后可简化货物的包装，同时也减少了货物的损坏。
用于集装箱货轮的集装箱种类很多，它们都是分门别类装载不同货物的。例如密封集装箱（也就是干货集装箱），它能防水，适用于装载一般杂货件；通风集装箱，适用于装载新鲜蔬菜、水果等货物；保温集装箱，适于装载冷藏货物或需要保持一定温度的货物；冷藏集装箱，适于装载冷藏货、新鲜水果或特种化工用品等；开顶集装箱，适于装载机械、电器设备等；板架集装箱，除具有开顶集装箱的用途外，如将侧壁换以栅栏或网壁，可装运活牲畜等；液货集装箱（又称油罐集装箱）一般容积在18．3立方米，适于装载油类、酒类以及液体化工产品等；散装集装箱，主要适合于装载散装农产品或粉状矿产品等。
当然，海上集装箱运输并不是完美无缺的。由于集装箱货轮的造价较高，同时还要有专用的码头和设备相配合，因此投资额比较大。另外，陆上运输设备、道路、桥梁的改建等也需要大量投资。就船舶本身而言，集装箱舱位利用率较低，一般只有60％~80％，运输空箱也要占用相当多的舱位；而且有些货物还不能装箱。如大型机械、设备等其体积超过规格集装箱，还有的如原油、矿砂、煤等货源量大的货物，由专用船运输，远比集装箱货轮运输优越。所以，集装箱货轮尽管有很多的优越性，但它并不能完全代替其他船舶。
