没有废止。
根据中国海事局网站公布的“中华人民共和国海事局现行有效规范性文件目录（截至2016年5月31日）”，关于实施《国际航行船舶进出中华人民共和国口岸检查办法》有关问题的通知（港监字〔1995〕133号）仍然是有效的。因此，判断《国际航行船舶进出中华人民共和国口岸检查办法》也应当是有效的。
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